Né du souhait de Ganon de conquérir le monde par la Triforce, il apparait que ces terres diaboliques corrompes aussi les habitants qui y vivent, les transformant systématique en une créature reflétant leur âme. Seule la Perle de Lune, trouvé dans la Tour d'Héra possède le pouvoir de préserver son détenteur de l'influence néfaste du Monde des Ténèbres. Il existe plusieurs plaques de téléportation en Hyrule permettant de se rendre dans ce monde, mais uniquement un d'en revenir: le Miroir Magique. Ce fut également en ce lieu qu'Ahahnim enferma les descendantes des Sept Sages afin de crée une brèche entre les deux mondes et de permettre à Ganon de conquérir le Monde de la Lumière.
On peut aussi crée un portail vers le Monde des Ténèbre en brisant une Perle de Lune, ce qui crée un Portail Lunaire. De plus, il est possible de fussionner les Mondes de la Lumière et des Ténèbres, ce qui recouvre le Monde de la Lumière d'une voile de Ténèbre alors que l'énervie vital de ses habitants est lentement drainer.
Quand Ganon atteint finalement le Saint-Royaume et la Triforce, les Sept Sages décidèrent de sceller celui-ci dans le Saint-Royaume. Alors, lentement l'influence maléfique de Ganon corrompit le Saint-Royaume, le transformant en Monde des Ténèbres. Tous ceux qui se mirent en quête de la Triforce et atteignirent ce qu'ils pensèrent être le Saint-Royaume se transformèrent en créatures maléfique de Ganon. Quand ces armées furent enfin prête, Ganon envahit Hyrule, devenu alors le Monde de la Lumière. Les sept sages parviennent cependant à enfermer de nouveau Ganon à l'intérieur du monde des Ténèbres et repousser les forces du Mal au cours de la Guerre du Sceau.
Le Monde des Ténèbres est divisé en plusieurs régions. La pyramide est une grande bâtisse qui occupe le centre du monde des Ténèbres. Les statues posées sur l'allée principale représentent le sorcier Agahnim. On dit que c'est dans cette pyramide que la Triforce est enfermé. Le dédale de l'Est est un labyrinthe constitué de haies et de murs de pierre menant au Palais des Ténèbres. La Plaine des Ruines est le lieu où se trouve le Palais des Marais. Le Bois des Squelettes est recouvert d'une épaisse brume et les arbres ont pris une apparence menaçante.Il faut régulièrement en sortir et emprunter des chemins à travers le bois pour parvenir à trouver son chemin. Ce lieu est étroitement liée au Palais des Squelettes. Le Village des Hors-la-Lois est un village dont la plupart des maisons sont en ruines et fut envahi par de nombreux bandits. Les monstres y sont également particulièrement nombreux. C'est à partir de la gargouille située dans la place centrale qu'il est possible d'accéder au Repaire des Bandits. Le Lac de Glace est un lac gelée dont un gros iceberg situé au centre contient le Palais de Glace. Le Marais des Démons est un marais pluvieux apparaît complètement du reste du monde des Ténèbres et le seul moyen d'y accéder est d'utiliser la barrière temporelle se trouvant au sud. Il s'y trouve le Bourbier Souffrance. La Montagne de la Mort est une montagne dont la roche est très sombre, n y trouve de nombreuses coulées de lave en fusion. Les grottes cachées sont très nombreuses. Ces ici que l'on trouve le Roc de la Tortue ainsi que la Tour de Ganon.
Durant l'Ère de l'Ombre, certains objets et personnages se font progressivement aspirer par la force maléfique du monde des Ténèbres. Ils apparaissent en tant qu'ombres dans le monde de Lumière et il est possible de rentrer en contact avec eux en allant dans le monde des Ténèbres, en utilisant les portails de Lune. Le Monde de la Lumière et des Ténèbres sont interconnecté entre-eux. De plus, une puissance malégique tenta de fusionner le Monde des Ténèbres et celui de la Lumière. Le Monde des Ténèbres prenant lentement le pas sur le Monde de la Lumière, engloutissant certains lieux comme les Bois Perdu ainsi que le Village Cocorico. Les habitans du village furent corrompu et les Bois Perdu furent envahit de monstres maléfique. La source de ce pouvoir maléfique vient du temple des Ténèbres, qui contient le miroir Obscur. Ce miroir est la source de toutes les forces ténébreuses qui envahissent progressivement le royaume. Bien des habitants pensent que c'est de la faute du Mage du Vent Vaati, mais d'autres disent que ce serrais d'un individu bien plus sinistre, Ganondorf.
